Государство Филиппины занимает Филиппинские острова, являющиеся частью Малайского архипелага. Самые крупные из более чем 7100 островов, принадлежащие Филиппинам, — Лусон, Минданао, Самар, Панай, Палаван,Негрос, Миндоро, Лейте, Бохоль, Себу. Протяжённость Филиппинского архипелага с севера на юг составляет около 2000 км, с запада на восток — 900 км. На западе острова омываются Южно-Китайским морем, на востоке —Филиппинским морем, на юге — морем Сулавеси, на севере Филиппинские острова отделяет от острова Тайвань пролив Баши. Длина береговой линии 36,3 тыс. км. Общая площадь островов — 299,7 тыс. км².

Рельеф островов составляют главным образом горы, самая высокая из которых — вулкан Апо (2954 м) — расположен на острове Минданао. Горные хребты — вулканического происхождения, так как архипелаг находится на стыке материковой и океанической литосферных плит и входит в Тихоокеанское огненное кольцо, отличающееся повышенной сейсмичностью и вулканизмом. Глубоководные желоба и вулканические острова — отличительная черта Филиппин. У побережья острова Минданао проходит Филиппинский жёлоб глубиной до 10 830 м — один из глубочайших в мировом океане.